Kerajaan Malaysia menubuhkan Dasar Biofuel Nasional pada tahun 2006, yang membawa kepada pelaksanaan mandat B5 di beberapa kawasan di negara ini. Mandat B5 menghendaki semua diesel yang dijual di wilayah Malaysia mengandungi 5% biodiesel minyak kelapa sawit. Mandat ini dijangka diperluaskan ke seluruh negara pada tahun 2014, dengan rancangan untuk meningkatkan kandungan biodiesel kelapa sawit minimum hingga 10%.[19] Sektor biodiesel di Malaysia telah berjuang untuk menjadi menguntungkan, disebabkan oleh sebahagian besarnya kos minyak kelapa sawit yang tinggi, yang menyebabkan penurunan dalam pengeluaran biodiesel pada akhir tahun 2000-an. Pada tahun 2012, terdapat 20 loji biodiesel di Malaysia, di mana 2 telah beroperasi pada awal tahun 2013.[19][20] Menurut penasihat kepada Meja Bulat mengenai Minyak Sawit Mampan, pengeluaran biodiesel di Malaysia dijangka berganda pada tahun 2013.[21][22]